ホウオウとルギアをめぐる冒険へ 10年の時を経て、金と銀の伝説が甦る！
ジョウト地方の小さな町・ワカバタウンに住むキミは、近所に住むポケモン研究家のウヅキ博士からポケモンを1匹もらって冒険に旅立つことになる。 さまざまな人々、ポケモンとの出会いがキミを待っている！ 3年前にカントー地方で活動していた、ポケモンを使って悪事を働く組織「ロケット団」が活動を再開した。 彼らは何を企んでいるのだろうか？ 旅の途中で事件に巻き込まれることになったキミは、ロケット団を退けることができるのだろうか！？ 冒険の先々では、強力なポケモントレーナーが待ち受けるポケモンジムに挑むことになる。ポケモンリーグに認められたジムリーダーたちに挑戦し、勝利の証「バッジ」をすべて集めよう！ さあ、究極のポケモントレーナーを目指し、ジョウト地方の冒険に出発だ！
出現する野生のポケモンが、同じ場所でもソフトによって異なるほか、ストーリーがクライマックスを迎えた時、『ハートゴールド』ではホウオウ、『ソウルシルバー』ではルギアが、この2匹の伝説のポケモンが出現！！ その他にも、殿堂入り後に出会える伝説のポケモンに違いがある！
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