シナリオが描かれるアドベンチャーパートと、戦闘を行うバトルパートに分かれている。アドベンチャーパートでは、テキストによる説明やキャラクター同士の会話によって物語が進んでいく。

シナリオは、原作の有名エピソードを中心に語られる。原作では描かれていなかった裏舞台や心理描写などを見ることができるのがファンにはたまらない特徴。
シナリオの途中には、プレイヤーが“歴史のバトン”を選択する場面があり、選んだバトンによって、語られるエピソードが変化していく。それだけでなく、シャアを選択したのならシャアに近い人物の、アムロを選択したのならアムロに近しい人物の、といった具合にバトンに関連した人物のレベルが上昇する。

バトルパートは、ターン制のシミュレーション形式で行われる。マップは、従来のマス目やヘックスではなく、地形ごとにエリアが区切られたプロヴィンス型となっている。各マップで勝利条件を満たすことで次のステージへ進むことができる。

：マップ：
戦いを有利に運ぶためには、移動時に必ず通るエリアや、地形効果の高いエリアに陣取る必要がある。移動は物資を消費することで可能。

：戦闘：
敵部隊が駐屯しているエリアに自軍の部隊を移動させると、戦闘シーンに移行。なお、移動と同様に戦闘でも物資を消費するので、物資を確保していくことが重要となってくる。

ゲーム中では原作の名シーンの数々がムービーや原作カットを利用して再現。